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唐师兄和几个负责这一块的师弟师妹们同样坐在会议室中,这些数据就是他们昨天熬夜整理出来的成果,他们看到老师甚至都有些谄媚的模样,面面相觑,不知道老师的葫芦里卖的是什么药。难道,老师真打算让这个本科生来解决这个问题?
陈辉不知道其他人的想法,他只是专注的盯着投影屏幕。
屏幕上展示着令人眼花缭乱的图表和数据矩阵。
“这就是我们的魔鬼,”宋朝明苦笑着调出一张热图,上面是数百个蛋白的磷酸化水平变化,红绿相间,看似有规律却又杂乱无章。
“这是我们用磷酸化蛋白质组学技术,对比了经奥希替尼处理的突变细胞和对照组,筛选出的所有显著性变化的磷酸化位点。”
宋朝明又调出另一张复杂的网络图,但许多连接线都是虚线或问号,“我们尝试用现有的生物信息学工具和数据库去构建相互作用网络,但结果……就像你看到的,充满了猜测和不确定性,我们缺乏一个强有力的数学骨架来支撑起这些零散的数据点。”
宋朝明的语气从介绍数据和思路的自豪,逐渐变为面对难题的无奈和渴望。
“我们做了大量的实验,敲低这个基因,抑制那个蛋白,看下游效应,但就像在迷宫里摸黑走路,效率极低,而且经常走入死胡同,我们需要一个指南针,一个能告诉我们下一步该打哪里的模型。”
他目光灼灼地看向陈辉,充满了期待,“小兄弟,我们擅长生成数据,擅长在细胞和小鼠身上验证假设,但我们不擅长从这样高维度、高噪音的海量数据中,挖掘出隐藏最深的、真正的因果逻辑。”
“这就是我请你来的原因,我们需要你帮我们建模!”
“不是简单的拟合曲线,而是构建一个能够真正反映细胞内信号动态传递过程的计算模型,用它来告诉我们,这条见鬼的非经典通路,最可能是什么样子?它的关键节点在哪里?我们下一步最应该验证哪个靶点?”
宋朝明将所有的数据和盘托出,也将最大的期望寄托在了这个年轻的外援身上,实验室里所有精密昂贵的仪器此刻仿佛都有规律的律动起来,它们生成的数据,正等待着一个能解读其秘密的大脑。
陈辉的目光扫过屏幕上复杂的数据流,眼神专注而锐利,仿佛已经穿透了表象的混乱,开始在心中构建那个看不见的数学模型。
对他而言,这不是压力,而是一场极具吸引力的智力解密游戏,而游戏的奖励,不仅是帮助宋朝明破局,更是为他自己的终极目标,夺取一块关键的拼图。
会议室中的唐师兄几人却已经瞪大了眼睛,他们见到刚才老师对陈辉的态度,原本以为这位本科生是有强大的背景,来实验室镀金的。
但从刚才老师的介绍,还有老师眼中的期待来看。
老师似乎真的想要让这位本科生来帮助他们解决难题?
唐师兄都感觉有些错乱,他真想让老师自己听听自己在说些什么,从高维度、高噪音的海量数据中,挖掘出隐藏最深的、真正的因果逻辑、细胞内信号动态传递过程的计算模型……
这玩意儿是一个本科生能听得懂的内容?
不要说他们了,如果不是宋朝明见到了陈辉在图书馆构建的模型,恐怕也不会相信一个本科生能够完成这个任务。
但现在,他充满了期待。
“我需要一些时间。”
陈辉已经坐在宋朝明的电脑前,他们这个项目的实验数据毫无保留的展现在陈辉面前。
但面对如此庞大,如此复杂的数据,又是完全陌生的领域,陈辉也需要一些时间来梳理这些数据,同时调整思路。
“没问题,这间会议室就留给你,如果需要什么帮助随时可以找我,如果我不在就找唐剑,他是负责这块研究的大师兄。”
宋朝明当然也明白这模型不是一天两天能搞定的,反而是陈辉听完问题后没有第一时间拒绝,就让他感觉到了希望。
“对,我确实需要点帮助。”
陈辉像是忽然想到了什么,看向宋朝明说的那位大师兄,“接下来的几天,我需要帮忙带下饭。”
“?”
唐剑先是一愣,旋即回过神来。
这家伙难道还真准备在这儿研究?
这让他不得不重新打量陈辉,如果这家伙真要在这儿研究的话,说不定还真有两把刷子。
不过他的确想不出一个本科生要怎么解决这个问题,他脑海中根本想象不出来半点这个画面。
“让你带饭呢,有问题吗?”
宋朝明见唐剑半天没有回应,眉头一拧。
看见自己这些不成器的学生,再跟陈辉一对比,他就很气。
“没问题。”
唐剑毫不犹豫,斩钉截铁的说道。
“那就拜托小兄弟了。”
“这台电脑里面有全部的实验记录、原始数据和失败的分析报告,具体内容有什么疑问也可以找唐剑。”
宋朝明看向陈辉时,已经是满脸笑容,俨然已经把陈辉当成实验室二把手的态度。
他也不知道陈辉到底能不能解决这个问题,但从今天下午陈辉展现出来的实力来看,如果陈辉都解决不了,或许,他们真的要构思其他的方案了。
很快,小会议室中就只剩下陈辉一人。
没有急着建模,他打开宋朝明指出的文件夹,从最开始两年前的数据开始看起,一个数据一个数据的研读起来。
三天时间一瞬即逝,陈辉终于将所有数据阅读完。
凝神思考好半晌后,陈辉开始建模。
他使用宋朝明团队未曾使用过的更高级的多元统计方法,主成分分析PCA、偏最小二乘回归PLSR,来降维和提取特征。
完成建模后,将模型和实际数据导入仿真软件,结果略有改善,能看到一些聚集趋势,但依然无法厘清因果关系。
再次思考了几个小时后,他开始着手构建一个包含所有异常蛋白的非线性相互作用模型,这一次,他引入了微分方程。
模型参数极多,拟合结果看似很好,但过拟合了,模型完美地复刻了包括噪音在内的所有数据,却不具备预测能力,无法通过新数据的验证。
看着最后的结果,陈辉皱起眉头。
他意识到这个问题的确没有那么简单,即便是他,也同样被数据的复杂性和噪音所迷惑,陷入了海量噪音构成的泥潭中。
他需要从这些噪音中抓住那些关键的真实数据!
陈辉目光锐利的看向屏幕上的数据。
暂时的失利并没有让他气馁,他最擅长的从迷雾中寻找真相,这是高达9级的洞察力给他的底气。
咚咚咚!
会议室门被敲响。
“进来。”
陈辉揉了揉额头,看了眼电脑上的时间,已经是中午12点多,吃个饭休息一下吧。
唐剑提着饭盒走进来,将饭盒放在会议桌上,笑着说道,“今天给你带的是铁板牛肉,平时我们自己也挺喜欢吃的,牛肉鲜嫩多汁,搭配秘制酱料,很下饭。”
“谢谢。”
陈辉真心实意的感谢,这些天唐剑带的饭菜都还是很丰盛的,有几次他甚至还特意跑到校外去买特色菜,这五天时间陈辉还没吃过重样的菜,这位唐师兄显然是费了心思的。
陈辉还是很满意的,这几天吃得的确不错,当然,他也不挑食就是了。
“客气。”
“我们实验室可就指着你出成果呢,那可不能怠慢了。”
唐剑笑盈盈的说道。
这些天他跟陈辉接触不少,不知道为什么,他竟然觉得眼前这个年轻人给他一种很可靠的感觉,这种感觉来得莫名其妙,却毫不客气的压倒了他的其他想法。
陈辉笑了笑,没有说话。
他的研究的确遇到了困难,有点没有底气说话。
“你已经完成建模了?”
忽然,唐剑看到了陈辉电脑屏幕上的仿真结果,笑容僵硬在脸上,瞪大的眼睛就像金鱼一般,都快要凸出来了。
他没想到这个本科生竟然真的完成了数据处理,这完美的结果,他们几个博士生搞了几个月都没有做出来。
“还差得远。”
陈辉吃了一块牛肉,摇了摇头,“过拟合了,没办法用这个模型进行预测。”
这牛肉倒是真如唐剑所说,鲜嫩多汁,但陈辉觉得,这道菜的精髓还在这酱汁上,饶是吃惯了山珍海味的他,也觉得这道菜吃起来很不错。
“啊?”
“过拟合了?”
唐剑瞪大眼睛,凑到屏幕前,仔细研究了好长时间,才终于发现陈辉说的问题。
但这个问题在他眼中根本就不算问题,跟理论数学不一样,理论数学要求结果绝对的正确,最好是公理、定理这种绝对正确的东西。
实际实验却并不需要,只需要能够满足一定的精度就已经足够了。
如果他能够做出这样的结果,早就跑去发论文了。
“这个结果已经足够完美,我现在就去通知老师。”
唐剑说着往实验室外走去,满脸兴奋之色。
“不着急,这个模型还能改进,等最后结果出来再说吧。”
陈辉摆摆手,拿这样的结果去糊弄人,他还真丢不起这个人。
唐剑站在会议室门口,看看展现着模型结果的电脑屏幕,又看看陈辉,一时间不知道该说些什么。
一方面他听到陈辉说结果还能再改进,他心中充满了期待。
可他认为这个结果已经足够完美了,他很难相信这个结果还能再改进。
在他看来,这个模型已经完全可以用于实际应用,根本就不需要再做改进,根本没必要浪费时间。
不过最终在一阵纠结之后,他还是决定听陈辉的,都已经等了好几个月了,再多等几天也无妨。
……
唐剑刚走出会议室,就有一个师妹走了过来,低声对他说道,“大师兄,那家伙都快一周没有出实验室了,他是真在研究还是在这儿蹭吃蹭喝啊?”
不止是这位师妹,实验室中其他师弟师妹们也都向这边看来,他们也很好奇。
不仅是好奇,他们对陈辉的看法也很复杂,如果是他们,让他们在会议室里住几天,他们必定无法忍受,即便因为他们做实验偶尔也会熬夜,所以会议室中有个行军床。
可但凡有得选,他们也会选择回寝室享受自己的大床,而不是在这儿受罪。
这样的精神让他们震撼。
但他们实在无法想象一位本科生能解决这么复杂的问题,所以陈辉的行为在他们眼里就有点作秀的嫌疑了。
“住嘴。”
“你怎么能这么编排陈师弟?”
“太不礼貌了。”
唐剑神色一历,怒声呵斥了这位师妹一句。
实验室中其他人都是瞳孔地震,呆愣在位置上,一时间竟然有些茫然。
他们以前哪里见过大师兄这幅忿怒金刚的面孔。
大师兄在实验室一贯是好好先生,不要说这般严厉的呵斥,就是一句重话都没有对师弟师妹们说过,平时哪怕是有师弟师妹们闯祸了,他都不会太过严厉的斥责师弟师妹,反而是会去老师那顶罪,让师弟师妹们免受惩罚。
“好教你们知道,”
唐剑看向实验室中神色各异的师弟师妹们,“陈师弟已经做出成果了!”
“模型的拟合度几乎完美,这样的成果足以发表一篇顶刊,如果加上我们完整的课题,上《细胞》、《自然》或者《科学》都没问题。”
呼呼……
一阵微风吹过实验室。
实验室中众人就像是石化了一般,那个本科生竟然真的完成了建模?
他们觉得大师兄今天可能是中邪了。
“那还等什么,赶紧写论文啊,他的模型在哪?”
一位师弟忽然说道,“我现在就去通知老师!”
“不用了。”
唐剑摆了摆手,“陈师弟还在改进模型,等精度更高的模型出来后再说吧。”
听到这话,实验室中的师弟师妹们顿时你看看我,我看看你,眼中满是狐疑之色,感觉大师兄的话的可信度顿时大打折扣。
如果真是能够上《细胞》、《自然》、《科学》的成果,那还能怎么改进呢?
开创一个新时代?在肿瘤研究领域称宗做主,成为数学界高斯、欧拉般的存在?
即便他们是华夏顶尖实验室的顶尖博士生,也还没狂妄到这种地步,他们甚至做梦都没这么想过,他们想都不敢想的事情,难道一个本科生还真能做到?
无稽之谈!
唐剑摇摇头,没有再多说什么,他现在说什么都是苍白的,只有模型摆在这些家伙面前,才会让他们改变想法。
不管陈师弟最后能不能成功改进模型,即便是陈师弟现在的模型,就足以让这些家伙为自己现在的想法感到惭愧。
他相信这一天并不会等太久。
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