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“关于EGFR突变体下游非经典通路的验证。”刘吉守直接说出问题,“我们团队里那几个博士搞了几个月了,还没有进展,你知道的,我们搞生物的,数学不是长项,我们现在急需一个计算和建模能力强的好手。”
“EGFR突变体?”
陈辉轻咦一声,来了兴趣,如果对方所说的国家重点项目是跟癌症相关的,他还真有兴趣加入,并且,他的研究也即将进入实验验证环节,正好借助这位教授的实验室,甚至是他的人手,来进行自己的实验。
“详细说说。”陈辉心中主意已定,虽然他可以向钱老他们提要求,申请资源和人手,但若是能自己解决,那就没必要麻烦钱老他们了。
宋朝明大喜,“是这样的,我刚才看你也是在研究肿瘤相关的问题,你应该知道,EGFR是肺癌中最重要的驱动基因之一。”
“针对它的靶向药,吉非替尼、奥希替尼已成为标准治疗,EGFR激活后,通常会通过一条清晰的信号链向下游传递指令,EGFR->RAS->RAF->MEK->ERK,这条通路主要促进细胞增殖,药物设计也主要围绕阻断这条通路展开。”
“但是在服用靶向药后,一部分狡猾的癌细胞会另辟蹊径,激活一些不依赖上述经典通路的替代信号路线来维持生存和增殖,这就是导致耐药的主要原因之一。
我们猜测,在我们研究的特定EGFR突变体中,存在一条全新的、未知的非经典通路在起作用。”
陈辉认真的听着,不得不说,这位教授还是有两把刷子的,这个猜测是非常合理的,如果他们按照这条路走下去,最后说不定真的能够解决EGFR耐药性的问题,在肿瘤研究中算是非常重大的突破了。
这条路线图,对他而言,同样具有无与伦比的价值。
如果他能解析清楚这条通路,不仅能帮助宋教授,更能获得一条实实在在的、经过验证的非经典耐药通路机制,作为他构建更宏大模型的基石真理。
同时可以用这条通路作为试金石,来检验他设计的预测模型是否足够强大和精准。
这种绕过经典节点的信号传递模式,或许能给他正在冥思苦想的根治方案带来意想不到的灵感。
这不是帮忙,这是一次绝佳的科研合作机会!
“但是我们团队通过质谱分析等技术,对比了用药前后癌细胞中成千上万个蛋白质的磷酸化水平,确实发现了一系列异常变化的信号蛋白,这些蛋白像幽灵一样,暗示着一条潜在的新通路,但我们到现在也无法确认。”
宋朝明无奈的开口,“我们根本分不清这些蛋白的激活是原因还是结果?谁在上游,谁在下游?”
“你也知道,生物实验数据存在大量背景噪音和随机波动,真正的信号埋没在其中,难以辨别。”
他这语气,根本没有把陈辉当成本科生,而是当成了一位在肿瘤研究上经验丰富的专家。
当然,研究过这么多资料以后,陈辉也的确已经是这方面的专家了,宋朝明说的这些问题,他还真知道。
“我们团队没办法构建出一个清晰的、可验证的数学模型来描述这些蛋白之间的相互作用关系。
传统的线性建模方法,比如假设A激活B,B激活C完全失效,数据点散乱得像一团迷雾,无法拟合,没有模型,就无法设计后续的基因敲除和过表达实验来进行生物学验证。”
“假设->实验验证的传统研究模式在这里陷入了死胡同,因为假设太多太模糊,每一个验证实验都耗时数周且成本高昂,几个月下来,我们团队做了大量尝试,却像在迷宫里打转,一无所获。”
宋朝明像是看救命稻草一样的看向陈辉,从刚才陈辉的研究他就能看得出来,这个家伙的数学实力绝对是顶尖的存在,甚至不比他之前接触过的那些数学教授差。
最关键的是,陈辉还懂生物,懂肿瘤,这简直就是他最需要的人才。
他的重点项目眼看着已经三年多时间,耗费了大量的科研经费,要是再没点像样的成果,他也不好交代。
“我可以解决这个问题。”
在确定这位教授研究的是肿瘤以后,陈辉就已经决定要与他合作了。
如果是其他问题,陈辉或许还没有这么确定,但数学问题,陈辉还是有信心的,在这个世界上,如果他都解决不了的数学问题,那这个问题肯定没有答案。
宋朝明大喜,连声感谢道,“感谢,感谢!”
虽然他觉得陈辉口气有点大,但有实力的人嘛,狂一点也很正常。
“不过我有个条件,在解决你的问题之后,我希望你的实验团队帮我做几个实验。”
陈辉提出了自己的条件,“也是肿瘤相关的,对你们来说应该没有太大的难度。”
宋朝明微微有些疑惑,一般来说,能进行这种研究的,都是这个领域的专家,根本不需要借他的人手和实验室。
难道说,这家伙真的是个本科生?
他现在对陈辉的身份更加好奇了。
“没问题!”
宋朝明毫不犹豫的答应了,只要能够解决他的问题,完成EGFR突变体下游非经典通路的建模,不要说方程会做几个实验验证,就算是让他的实验室给陈辉打两个月的工,他都不会有二话。
“先带我去看看数据吧。”
刘吉守显然高估陈辉了,陈辉数学的确很强,却也还没有到不看数据就能建模的地步。
“不着急,我们先去吃饭吧。”
宋朝明早就听见陈辉肚子在咕咕叫了,不要说全神贯注研究了一下午的陈辉,就是他,也早就饿了。
“今天太晚了,我先去把实验数据准备好,明天早上9点,实验室见。”
吃完饭,宋朝明兴奋地跟陈辉挥了挥手告别。
陈辉摸了摸鼻子,这才晚上9点,他原本是准备现在就去实验室查看数据的,可既然对方准备休息,他也不好说什么,只是对于这些专家们对于研究的松弛感,很是羡慕。
当然,每个人有每个人的研究方式,充足的休息,松弛的氛围,或许更能激发研究的灵感。
……
华夏医学科学院,肿瘤研究国家重点实验室,
宋朝明跟陈辉约的是9点,但学生们早在8点就已经到实验室了,打工人一直吐槽996,但对于这些博士生来说,8127都是家常便饭。
“唐师兄,听说老师请来了一位数学高手,这次是数学院的哪位教授,你知道吗?”
同学们一边吃着早餐,一边小声聊着天,宋朝明说准备数据,自然是让这些学生们准备的,同学们也都听到了一些风声。
被询问的唐师兄摇了摇头,“这次不是数学院的,听说是我们学院的一个学生。”
“学生?”
同学们更加好奇了,“是哪位教授的高徒?我们认识吗?我们学院还有这样的数学高手?”
“好像是,一个本科生。”
唐师兄也有一些不确定的说道,当时他听到老师说起这个消息时,也是很震惊的,毕竟对方没有导师,那就只能是本科生了。
“本科生?”
正在吃饭的同学们全都停下了手上的动作,看向唐师兄,眼中浮现出荒谬的神色。
“老师该不是忧思成疾,病急乱投医吧?”
“本科生能解决我们的问题?”
最开始发问的师弟问出了大家的疑惑,他们都是从本科生过来的,自然知道本科生是什么水平。
“行了,这还不是因为我们这么长时间都没解决那个问题,老师这么做一定是激将法,是为了激励我们。”
唐师兄沉思片刻,笃定的说道。
其他同学们也都微微点头,这应该就是事情的真相了。
“这也不是我们没本事啊,实在是这个问题已经超出了我们的能力范围,不要说我们,整个学院,恐怕也找不出能解决这个问题的学生吧?”
一位师妹苦着脸吐槽到,他们也都指着项目能够出成果,他们才好发论文,一篇高质量的论文,不仅能够让他们顺利毕业,也是他们未来事业的敲门砖。
“不要说学生了,就是教授也找不出来吧。”
另一位师弟也吐槽到,他们已经卡在这方面几个月时间了,自然很清楚构建模型的难度,也正因为如此,他们才笃定这不是一个本科生能够做到的事情
“好了好了,老师这样安排自有他的道理,我们把事情做好就行了。”
唐师兄打断了师弟师妹们的抱怨,吃完早饭的他打开电脑继续整理数据。
见到师兄这幅态度,其他师弟师妹们也都回到自己的位置上,用心整理起数据来。
……
早上9点,陈辉准时出现在实验室外,宋朝明确早已恭候多时。
“小兄弟早上好,吃饭了没?”
“我这儿还有包子和豆浆,要不要吃点?”
宋朝明热情的招呼到。
实验室中的同学们早已张大个嘴巴,他们什么时候见到老师用这种态度对一个人,哪怕是学院的领导,以他们老师的身份都是平辈论交的。
他们现在的好奇心已经拉满,这个本科生到底是什么来头?
“我们直接开始看数据吧。”
陈辉却摇了摇头,他6点就已经起来了,吃了早饭,还看了两个多小时的论文才过来的。
“好,跟我来。”
宋朝明带着陈辉走进实验室,穿过同学们的办公桌,一路向里面走去,一道厚重的自动门滑开,进门后,身后的门自动关闭,周围开始喷洒消毒液,随后宋朝明让陈辉穿上实验服装,这时前方的门才打开。
一股独特的混合气味扑面而来,是刺鼻的消毒酒精、培养细胞的温润甜腻、以及精密仪器运行时散发的淡淡电子气息。
这股味道,对陈辉而言,如同战士闻到了硝烟,是一种属于前沿科研战场的味道。
眼前的景象与他终日沉浸的、只有书籍和代码的静谧空间形成了鲜明对比,这里是一个充满生命律动与科技冷光的奇妙融合体。
穿过这扇门,里面才是真正进行实验的地方。
实验室宽敞明亮,被划分为数个功能区域,各种高端仪器如同等待检阅的士兵,安静地运行着,发出低沉的白噪音,奏响着一曲科研的交响乐。
一侧是巨大的超净工作台,柔和的白光下,一位全副武装的研究员正用移液器进行着无菌操作,动作精准如绣花。
后面是数排二氧化碳恒温培养箱,微微轰鸣,内部保持着37℃、5% CO的恒定环境,像一个个温暖的子宫,孕育着无数作为实验材料的癌细胞。
房间中央矗立着几台关键的大家伙。
一台高通量质谱仪的指示灯正在闪烁,它能够以惊人的精度测量样品中成千上万种蛋白质的质量和数量,是绘制蛋白质组学图谱的核心武器。
旁边连接着液相色谱仪,正通过细细的管路将复杂的样品混合物一一分离。
另一侧,新一代基因测序仪正在低沉地运行,它的芯片上正在以惊人的速度读取着DNA的碱基序列,揭示着癌细胞最深层的遗传密码。
靠墙放置着共聚焦显微镜,它的复杂镜头组能对细胞进行光学切片,生成绚丽多彩的三维图像,实时观察蛋白在细胞内的定位和相互作用,屏幕上正显示着经过荧光标记的细胞,绿色和红色的光点交织,仿佛微观宇宙中的星辰。
透过一扇观察窗,可以看到隔壁的SPF级动物房,里面饲养着为实验献身的转基因小鼠模型,它们是验证药物效果的活体战场。
实验室里人员不多,但每个人都步履匆匆,全神贯注。
一位博士生正对着电泳凝胶成像系统皱眉,另一位师姐在冰盒前小心翼翼地区分着珍贵的样品,还有人在电脑前疯狂地记录数据,脸上写满了疲惫与专注。
空气中弥漫着一种无形的压力,那是项目卡壳几个月带来的集体焦虑。
陈辉对此却很是满意,不愧是国家重点实验室,无论是设备还是人员,都是精锐中的精锐,这对他接下来的研究很有帮助。
“你看,”宋教授指着一排放在液氮罐旁的冻存管,“这些都是我们构建的、携带不同EGFR突变体的细胞系。那边,”他又指向质谱仪,“正在跑的就是最新一批用药后不同时间点收取的样品。
数据源源不断地出来,但我们……却看不懂它想告诉我们什么。”
他引着陈辉走出实验室,来到一间小型会议室,打开投影仪,满是期待的看向陈辉。
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